南普陀寺

南普陀寺坐北朝南，依山面海。中轴线主体建筑，依次为天王殿、大雄宝殿、大悲殿、藏经阁。殿阁依山层层升高，层次分明，俯仰相应。东西两侧依次升高的回廊，回护三殿两侧，使之成为一个整体。

五老峰

五老峰是厦门八大胜景之一，五老凌霄以其挺拔秀奇著称。山上林木蓊郁，奇石嶙峋，洞壑幽深，岩泉清冽。盘旋曲径，直上颠峰亭台，放眼海天深处，碧波荡漾，巨轮轻艇往来如梭。环视鹭岛新姿，绿树掩映，层楼大厦参天。俯瞰足下，梵宇琳宫浮现于云雾缥缈之间，恍若置身蓬莱仙阁之上，飘然欲仙，乐趣无穷。真不愧为鹭岛名山藏古寺，梵宫胜景纳游人。

天王殿

天王殿屹立于寺院中轴线最前端，歇山式重檐飞脊，轩昂宏伟。殿前为入寺正中大门，两只威武的大石狮雄踞门廊东西两侧。跨门进殿，两侧四大天王怒目环视。正中弥勒菩萨坦腹露胸，常开笑口，给人以欢喜信受的美感，殿后韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。

大雄宝殿

大雄宝殿是寺院的主体中心，崇宏雄伟，殿前石庭平舒宽展，正中宝鼎香炉巍立，两侧白石宝塔高矗，更显广庭崇殿的庄严肃穆。大殿两侧罗汉堂朝拱主殿。主殿正中供奉三世尊佛高大塑像。殿后供奉西方三圣（阿弥陀佛、观音菩萨、大势至菩萨）。

大悲殿

大悲殿是寺院的另一主殿，奉千手观音。清初施琅始建，称大悲阁，为南普陀改称之由来。殿立于大雄宝殿后石砌多角形高台上，中隔两段石阶近三十级。主殿呈八角形三重飞檐，中间藻井由斗拱层层迭架而成，结构严密，俗称蜘蛛结网。闽南信众崇奉观音菩萨，香火鼎盛。

藏经阁

位于中轴主体建筑最高层，歇山重檐式双层楼阁。上层藏经，下层法堂。阁楼上下层，三面台廊回护，圈以白石雕栏，倚栏前望，三殿巍峨尽收眼底。仰首后顾，层峰叠翠，垂手可攀。

寺中珍藏文物，有北魏、唐、宋、以迄明、清的古佛造像：其中有来自缅甸的白玉石雕大小佛像二十八尊；还有泰国、斯里兰卡、柬埔寨、印度送藏的各种佛菩萨造像：此外有与清初施琅建寺同时新铸的大钟、造於宋元时期的七佛宝塔。还有明代比丘、比丘尼刺血书写的《妙法莲花经》和珍版的《大藏经》多部。